朱元璋地宫位置确定了，那么，它的入口在哪里？通过专家们的勘测数据可以发现，地宫有隧道状建筑物，长120米，宽5-6米，有多个入口，其中一个在明楼东侧宝城城墙下。从外部看这段城墙，有明显的裂口和下沉痕迹，显然，这里曾建有地宫入口的地面建筑，由于某种原因坍塌消失了。
其他朝代的帝王陵墓的墓道多是笔直的，但是明孝陵的墓道却是弯曲的。专家认为，这是当地地理原因造成的。明孝陵地下由两种不同种类的岩石组成，一种是侏罗纪砾岩，一种是长石石英岩。两种岩石磁性不同，软硬不同。砾岩特别坚硬，不好开凿。很有可能，当年的设计者预先设计好的是笔直的墓道，施工过程中发现了问题，临时调整了施工方案。
明孝陵还有一处让人不解的地方，就是独龙阜山体上的巨型卵石。独龙阜山体至少有六成是被人工修补过的，其上规则排布着很多巨大的卵石。当年修建陵寝的工匠花费巨大精力将这些石块运上山，是出于什么目的？为了防止盗挖，还是为了减少雨水对陵墓的冲刷，抑或只是单纯出于美观考虑？答案至今没能揭晓。
明孝陵修建工程从洪武十四年（1381年）动工，于洪武十六年（1383年）完成了陵墓的享殿等主体工程，先后调用军工10万，至永乐三年（1405年）建成，历时25年。明孝陵地面木结构建筑大多毁于1853年清军与太平军之战，现仅存下马坊、禁约碑、内红门、碑亭中壁、石像路、方城明楼下部等砖石建筑。明孝陵布局宏雄，规制严谨，陵神道开了弯而且长的先例并影响了明清两代。陵园纵深2.62公里，当年围绕的红墙周长22.5公里。
