其实段祺瑞为袁世凯手下的三品炮队统领，还兼着新军的培训管理工作。段祺瑞到袁世凯府上汇报工作，返回的路上就碰到了落难秀才徐树铮。徐树铮向段祺瑞行了礼，双方寒暄了几句，找个馆子小酌几杯。听了徐树铮的抱负，段祺瑞深以为然，让小徐先去他的部队报道，其他的事情慢慢理会。就这样，本来千里投靠袁世凯的徐树铮，阴差阳错成了段祺瑞的学生。
徐树铮在段祺瑞身边当了四年的记室，段祺瑞感觉有些屈才，问小徐愿不愿意去日本学习新式军事理论？徐树铮求之不得，欣然答应。1905年，徐树铮拿着段祺瑞提供的学费，东渡日本振武学校和陆军士官学校深造，5年学业完成归来，老父亲都已经去世好几年了。
徐树铮在段祺瑞门下当高级军事参谋，几个月就让北洋同僚领教到了他的利害。首先策划段祺瑞师向紫禁城炮击，让清室不敢谋害袁世凯；接着刺杀北方革命党首领吴禄贞，让革命党人攻入北京城的计划流产；后设谋逼迫满清政府将军政大权授予袁世凯，直接导致清帝退位。谁说书生造反十年不成？人家徐树铮一介书生，比数万大军都管用。
