在1900年的七月，他被任命为直隶总督，无奈之下踏上了一生的屈辱经历，在西方列强的逼迫下，慈禧再度传回消息，决定和谈，也就是同意签订屈辱条约，在决定签订条约的时候，他的内心比当时任何一个中国人都复杂，催使这个条约诞生的人从始至终都是慈禧一个人造成的，如今却要他来背锅，他为了缩减赔款和割地和外国进行激烈的谈判，但是慈禧只是希望这件事情快点结束，她不在乎条约的内容。
谈判就这样结束了，但是李鸿章却心存不满，于是在签订条约的时候，他没有在条约上签下李鸿章的大名，而是用了朝廷赐给他的爵位名字的开头一个字肃毅伯的"肃"，他极力的证明这件事并不是自己的意愿，是清朝在卖国。在九月初合约签订结束，在十月底他就因为胃血管破裂死亡，他最后也是含着冤屈去世的。
