靠出卖队友的阿睦尔撒纳也被乾隆重赏，拿双倍工资，封为辉特汗。阿睦尔撒纳却开始打起了自己的小九九，偷偷地收编投降清军的准噶尔旧部，批阅公文不用清廷的副将军印章，改用已故可汗的印章，反心已露。乾隆皇帝看到举报信以后也没当回事儿，"不过就是人贪点儿罢了，没必要太苛刻了"。
这话刚说完，乾隆就被打脸，没几个月阿睦尔撒纳就反叛了，原先归附清廷的几支部落也纷纷响应。乾隆彻底被准噶尔蒙古贵族们的反复无常给激怒了，他特别对前线作战的将领们强调， "此次进兵非同一般，各将厄鲁特彻底剿灭，永绝根株"， "不得更留余孽"！这些实录文字放到今天读起来也能感受到背后的愤怒。
这一次清军没有再给对手留任何情面，准噶尔汗国"数千里内，遂无一人"，人口锐减，跑到了俄国境内的阿睦尔撒纳也因感染天花而死，准噶尔从此消失在了历史的舞台。这两次平定准噶尔使清王朝"拓地二万余里" ，成为乾隆皇帝"十全武功"之首。
