所以，这两座寺院的建立意义重大，不仅表现了吐蕃王朝对不丹宗教上的统治，更表现了军事上的统治。毫无疑问，那时的不丹是吐蕃王朝领土的一部分。
后来，随着吐蕃王朝的崩溃瓦解，大量西藏僧侣逃难到不丹境内。藏传佛教噶举派与不丹当地一些部落首领、贵族结成了联盟，这个联盟成了不丹地区的实际统治力量。但其过程是极其漫长的，用了好几百年才将不丹全境纳入统治之下。
从西藏来了一个噶举派僧人，叫阿旺·纳姆加尔，他在1637年建立了政教合一的不丹王国。阿旺·纳姆加尔为最高统治者，称为"法王"，集宗教大权和世俗大权于一身。
1644年是中国历史上重要的时间节点，不仅发生了清军入关的历史事件，这一年西藏也开始对不丹用兵了。西藏想恢复吐蕃王朝时期的疆域，先后出兵尼泊尔、拉达克等国，使这些地方称臣纳贡。而不丹也正是"恢复计划"中的一部分。
