6月25日，伴随着一次次进攻的失败，清军进入暂时休整期，但此次停战时间极短，晚上战斗就再度发生。日方凭借肃王府的地理优势，不断在道路上设置路障，并加固工事，这极大地阻碍了清军的进攻速度。下午3点，清军在肃王府后方墙壁上轰开两个洞口，清军进入肃王府与日军作战，但很快便被日军逼退。
29号发生了十分奇怪的事情，一方面清政府一改之前的姿态，开始与义和团撇清关系，并下令严格限制清军的行动，而另一方面，驻扎在肃王府外的清军却继续对日军予以猛烈的炮火，进攻姿态丝毫没有减轻。
被轰炸后的肃王府
久攻不下惹得中央十分震怒，清军也无法再组织起有效的地面进攻，只得在使馆区外围用火炮进行象征性的轰击。至7月5日，清军接到朝廷的死令，不得已再度发动对肃王府的进攻，清、日双方用火炮互相进攻，双方在肃王府周边展开持久的拉锯战，清军是进攻之后被打退，打退之后再进攻，在战与退的过程中循环往复。
