太平天国中后期，也就在太平军和湘军展开殊死较量的时候，一场瘟疫尾随而至，并很快在江南的交战区里蔓延。
当时人们称这种流行病叫"吊脚痧"、"子午痧"、"瘪螺痧"或"吐泻病"。常熟之地有记载称："时疫流行，名字午痧，朝发夕死。上海极重，渐延太（仓）境，吾方间亦有之。"
这种疫病还有个专门的名称：霍乱。霍乱是一种起病急骤、传播迅速、病死率高的烈性传染病。对于中国来说，它算是一种进口的洋瘟，1817年它在东、西孟加拉地区爆发，后经洋轮带到了中国。太平天国时期，正赶上世界第三次和第四次霍乱大流行。宁波、杭州和上海等华东地区疫情蔓延非常迅猛。
1860-1861年时，安徽、浙江和江苏等地已经出现了大面积染病和死亡的现象。而此时曾国藩的湘军正在和太平军正在安庆鏖战。战争和瘟疫从来是紧密相连的。湘军虽然攻下了安庆，但得到的是一座空城，数万太平军全部被杀，城内城外死尸成堆，第二年夏天，随着高温，新一波瘟疫开始大面积蔓延，湘军中不少士兵染病，驻扎在安徽南部宁国的鲍超和张运兰等人部队，称"除已痊外，现病者六千六百七十人，其已死者数千，尚未查得确数"。
