踌躇满志的曾国荃正在谋取南京，闻之大惊失色，但还没来得及做好心理准备，自己的吉字营也出现了瘟病，他报告给曾国藩说"每营病故者八九十名，勇病日多，其无病者不过一二成队"，这使曾国藩"无日不在惊涛骇浪之中"，并且痛苦地叹道"七月之后大疫遍作，士卒十丧四五。自是贼氛弥炽"。
而对于太平军来说，瘟疫也是致命的。自安庆失守，陈玉成败亡，天京门户洞开，湘军已经杀到了天京城下，而霍乱来到后，染病的太平军日益增多而大量减员，天京的城守更加薄弱，洪秀全只好从安徽搜集兵力回救，但安徽战局已经恶化，太平军散落各处，加之大都染上了瘟病，根本无法救援天京。因此，洪秀全只好把苏浙的李秀成兄弟视为救命稻草，一天之内颁发几道金牌令要李秀成回救天京。
李秀成开始是不愿意回救天京的，除了想保住根据地的念头，还因为他所在的苏浙地区也闹疫病，战乱之下，难民四处流窜，瘟疫也迅速扩散，上海就是因为难民的涌入而成了地狱，居民"死者日以千计"。就连军队卫生做得相当好的英军，"死于霍乱者，亦达５％"。苏州、常熟、太仓、嘉兴和杭州等地方也是疫病横行，所部太平军几乎都来自苏浙沪，感染者会传染未感染者，一旦战役关键时刻爆发，后果不堪设想，这些使得作为三军统帅的李秀成不得不慎重起来。
然而，最后，他无法违抗洪秀全的强令，和李世贤带领数十万主力去救天京。在天京的雨花台和曾国荃部湘军展开了一场殊死较量。平时，我们更多的是从纯战争的角度去了解和分析这场血战惨烈程度，从而忽略了伴随这场血战的那场瘟疫。
