嘉靖帝听完不作声，待片刻又拿起来看了看，稍为感动。说："这人可比比干，第朕非封耳。"此时，嘉靖帝已有觉醒之意，故对徐阶说："海瑜目俱是。朕今病久，安能视事。"嘉靖帝虽知错，但死面子放不下，还要把海瑞下狱定死罪，既定死罪，又迟迟不下诏斩他，皇帝心中矛盾，可想而知。
不久，嘉靖帝驾崩，穆宗继位，年号隆庆，海瑞才得赦免。三年(1569年)，以太佥都御使巡抚应天十府。以"迂带不达政体，宜以南京清秩处之"。帝仍以优诏奖海瑞。不久，又被给事中戴凤翔污蔑奸民，鱼肉百姓，沽民乱政，被贬为督南京粮储。半年后，调去，民众"哀声载道，家家户户挂其画像纪念。"
十二年(1584年)，张居正卒(死去)万历帝再次任用海瑞，恢复前职。第二年，召为南京右佥都御史，改南京吏部右侍郎。这时，海瑞年已七十二岁，上疏劝帝虐刑，言词极剀切。后万历帝虽屡欲召用，都被权奸所沮，海瑞屡次上疏要求离休，部慰留不允。十五年(1587年)，死在任上。
