沈源深后来在京城的政治经历，没有太多值得说道的地方。他在天子脚下的最后一波职位，是都察院副都御史、兵部侍郎等，并继续兼任军机处章京。
期间他深入权力核心，连不少封疆大吏也想结交他。但沈源深从来不跟总督级别的人论私交，一来他知道封建政治诡异，风向说变就变，他不想再度卷入；二来他骨子里还是书生之气，只论是非曲直，不搞攀龙附凤那一套。?光绪十六年（1890），沈源深以兵部侍郎的身份，来到福建督查案件，结果同年十二月，时任福建学政的乌拉布发病猝死了，沈源深就顺势接替了福建学政的职位。?到底是光绪皇帝希望沈源深接任福建学政，还是沈源深本人希望转型，我们不得而知。反正他做了福建学政，也改变了自己的仕途方向。事实证明，沈源深确实心思全在理学一途，说到底他喜欢用思想影响他人，本质上这就是教育家的角色。
沈源深就任福建学政，一口气烧了新官三把火。?第一件事，沈源深以学政之高位，行监考官之责，每逢考试，不管是府试、院试，还是乡试，他都亲自坐在考场督考。本来监考这种事，一省学政很少亲自去做的。那么沈源深为什么这么做呢？
