马士英返回凤阳后，得知福王朱由崧已经与自己手下的几位总兵私下串联，黄得功、高杰和刘良佐等江北三镇军阀都表示愿意拥戴朱由崧为新帝，这让马士英感到了压力，如果自己仍然坚持"拥立桂王"，那么就可能被排挤出权力中心，于是马士英表示自己也拥立福王，并且凭借自己是江北三镇的上司的优势，成为了拥戴福王登基的首功之臣。
崇祯十七年四月底，福王朱由崧在数万大军的保护下进入南京城，先称监国，再登基称帝，是为弘光皇帝。而马士英也凭借"拥戴"首功而从地方官入阁，成为内阁首辅，原本的南京朝廷第一人史可法虽然入阁，但不久就被排挤出朝廷，督师扬州，最终在清军进攻扬州时被清军俘虏，最终被杀害。
参考文献：《南明史》
