当时呼声较高的继承人有福王朱由崧（万历皇帝的孙子、崇祯皇帝的堂兄）和潞王朱常淓（万历皇帝的侄子、崇祯皇帝的堂叔），按照血缘亲疏，福王是最合适的人选，但是东林党人因与福王有过节而不愿拥立福王（东林党在万历年间曾经反对万历皇帝立老福王朱常洵为太子）。当时，潞王和福王一样都在淮安，离南京很近，而且在东林党人看来，潞王更加"贤能"，所以潞王就这样被放到皇位继承人之列。
但是，选潞王为继承人也说不过去，毕竟万历皇帝还有子孙在，不可能不让子孙继承皇位，反而让一个侄子去继承，于情于理都说不过去。于是，史可法又去找马士英商议，最终两人达成了一个折中方案--让万历皇帝的另一个儿子、远在广西梧州的桂王朱常瀛继承皇位。
南明世系表
但是，在马士英返回凤阳之后，这个方案又发生了变化，而就是这个变化，让马士英日后的地位超过了史可法，一跃成为新朝的首辅。
