周家意识到问题的严重性，找理由去贵溪市人民医院复印当年的病历，准备起诉。但法院不予受理，称这事应去卫生局调解。之后，当地卫生局介入，并委托鹰潭市医学会做医疗事故鉴定。
2004年8月31日，周家和医院双方共同到江西省医学院第二附属医院，给周福斌做MRI（磁共振成像）检查，“左肾未见显影”。9月15日，鹰潭市医学会出具鉴定书，否认了医疗事故。鉴定书分析意见中，专家组成员认为周福斌属于左肾萎缩而非缺如。
2004年8月31日江西二附医院MRI片显示：右肾代偿性增大，左肾缺如
周家不服鉴定，又先后去上海瑞金医院、北京协和医院检查求证，结果都是“左肾缺如”。
之后的一个周末，周福斌从学校回来时，父亲告诉他，妈妈和哥哥因为去医院协商他的事情被警方“关了”。那是2005年5月26日，周家同医院协商丢肾的事情时起了冲突，医院报了警，随后警方将周母等行政拘留。
15天拘留结束后，周家觉得委屈，退休老记者胡伦奎注意到了喊冤的周家父母。后来经过实地走访，他写了一份材料寄给周家，让他们找机会交给市委书记。
蹲守了两天后，他们把材料递到了市委书记手里。没几天，贵溪市人民法院受理了此案。没想到这场官司一打就是5年，而且结果未能如他们所愿。
法院受理后，周家提出重新鉴定。
2005年9月28日，江西医学院二附院对2004年8月31日“左肾未显影”的片子进行会诊，得出与之前相反的结论：左肾细小，大小约3.2（长）X0.9（宽）X1.7（厚）cm。在报告单上，医院特别注明：贵溪市人民法院要求会诊。
这一会诊结果被用于12月27日江西省医学会出具的鉴定书中。该鉴定书也否认了医疗事故，并依据前述会诊结果认定周福斌的左肾依然存在，只是萎缩，并非“缺如”。
2006年8月3日，法院做出一审判决，驳回周福斌诉讼请求。周家不服判决，提起上诉。
二审中，退休老记者胡伦奎和解放军442医院放射科主任医师胡绍童担任周福斌的代理人。庭审时，胡绍童要求出庭质证的鉴定专家当庭指出以往片子中，他们所确认的3.2X0.9X1.7cm左肾的具体位置。对方不愿意，双方起了争执，引起混乱，庭审草草结束。
2006年12月21日，鹰潭中院做出裁定：撤销一审判决，发回重审。同时，中院给原审法庭附了一份内部意见函，大意是：此案不算你院错案，争取调解结案。
发回重审后，贵溪法院委托西南政法大学司法鉴定中心对周福斌左肾是萎缩还是缺如，以及对应原因进行司法鉴定。之后，由各方代表陪同周福斌一起去第三军医大学大坪医院做检查，增强CT检查报告：左肾缺如。
最终，西南政法大学司法鉴定中心未给出明确结论，并提出最终确定是“缺如”还是“萎缩”的方法是手术探查。但因为这种方法属创伤性、非常规检查，不提倡做。
贵溪法院于2008年2月1日做出再审判决：原告左肾缺如还是萎缩，以及相应原因无法查明，根据公平原则，判医方给予周福斌12万元补偿。
随后，周家和医方均提起上诉。
医方认为，在周福斌手术过程中他们并不存在过错，所以12万元的补偿有失公平。
周家指出，自1997年车祸后，周福斌再未做过任何手术，而且医院对入院和手术时间做了改动，这更加使他们确定，就是医院“盗肾”。
