究其原因是诛杀毛文龙这个鲁莽的行动导致东江军和朝廷之间形成了巨大的裂缝，互相不信任，上下猜忌，兵将互疑，导致人人自危，刀口舔血为朝廷卖命，飞鸟还在天空高翔，结果弓箭先收藏了。
如果袁崇焕不是自视其高，好高骛远，有一点孙承宗的度量，那么东江局势不会恶化到这种地步，东江孤悬岛外，虽然难以控制，但其一切用度来自朝廷，本身是有线的风筝，结果这线被袁督师砍断。
毛文龙被杀成为了袁崇焕悲剧的开始，在朝廷对袁崇焕的指控里，"以谋款则斩帅"两项罪状指控，所谓"谋款"就是私下密谋与后金议和，所谓"斩帅"就是诛杀了毛文龙。
加到一起就是指控他为了私下与后金议和而谋杀了毛文龙，可以说诛杀毛文龙直接为袁崇焕埋下了杀身之祸。
讽刺的是袁崇焕杀毛文龙的罪名是"通敌"，而崇祯杀袁崇焕的罪名也是"通敌"，于是，被史学界人士称为"连环冤案"的事件就这样产生了，而且争议了几百年，到现在也未有结果。
