然而，这仅是汪直的一厢情愿罢了，前有朱纨，后有俞大猷，他还是没有看清明朝严禁海上贸易的决心，结果并没有让人很意外。虽然胡宗宪也曾在力保汪直，但是也没有改变政府杀一儆百的决定。
嘉靖三十八年，汪直被处死。
汪直曾在狱中写过一道《自明疏》，他坚称自己做海商并没有危害国运，而且造福了江浙人民，同时剿匪有功，还维护了沿海的安定，更从未行过强盗之事。他一再恳请嘉靖，希望皇帝能够赦免他的罪过，并且开放港口与外商互市，此举既是获取关税丰盈国库，也是杜绝倭寇的治本之策。然而汪直的陈书并没有得到皇帝的赦免，汪直在杭州被斩首。
