频繁的战争使得人口大量死亡与大规模流动
一般而言，战争会引起人口的大量死亡，而这些大量因战争、饥饿或疾病的死者尸体往往大多数并不能被及时得到处理与掩埋，这也就为瘟疫的发生和传播提供了温床。而明朝末年，政局动荡，其中又以明王朝与李自成势力、张献忠势力之间的战争最为频繁，使得全国各地几乎都陷入了战争的动荡中。比如据记载，1632年辽州被攻下后，尸体堆积如山，满门灭绝的就有几百户。
难民逃亡
而且，战乱往往会影响社会的稳定，使得大量人口出于躲避战乱出逃，从而使得部分人可能携带瘟疫逃亡其他本来安全的地区，最终加快了瘟疫的蔓延速度。据记载，当时凡是农民军经过的地方，往往携带有瘟疫，甚至出现了：
