二是惠民药局虽然朱元璋时期就成立了，但由于经费拨付不足，导致惠民药局逐渐从一个常设机构变成了一个临时的救济机构。据记载，在万历年间，这个机构就已经只剩下遗址了，只有当瘟疫发生时才会在这个遗址上发放药物，甚至到明末时，这些遗址附近发放药物也只剩下零丁几处地方。
惠民药局
三是没有系统的制度维持运行，尽管个别皇帝在位时由于个人喜好有所重视，但都是偶然之举，并未建立从京城到地方的一套完整制度，救助不成系统，范围也有限。
四是政府对医学技术的不重视。其实早在宋朝时期，就已经发现了隔离治疗的方法来对付瘟疫，但是明朝时却基本没有采取这种科学的方法。
