然而当北方逐渐平定之后，吴三桂却挥起屠刀，对抗清的朱明后裔进行了残酷的保护，从而让自己获得了更大的重用。而吴三桂的恩断义绝，也迫使明廷和农民军两股敌人，为了自保而紧紧地联系在了一起。
根据南明史记载，永历帝被抓住后，送到了吴三桂的军帐当中，他连问了吴三桂三个问题，可谓是字字诛心："汝非汉人乎？汝非大明臣子乎，何甘为汉奸叛国负君若此？汝自问汝之良心安在？"
当吴三桂听到这一番当头喝问，也是害怕无比，竟然汗流浃背，面如死灰，都直不起身子："三桂缄口伏地若死人。王令之去，三桂伏不能起，左右扶之出，则色如死灰，汗浃背"。然而为了自己的利益，吴三桂随后还是将永历帝杀害。
讽刺的是，康熙年间，随着清廷进一步打压，吴三桂打出了"兴明讨虏"的旗号，再次选择了背叛，然而此时的他，身边却并没有什么帮手，在做了5个多月的皇帝之后，势单力孤的吴三桂在很快因为疾病在衡阳去世。
