这便解释了为什么他投靠了瓦岗军，而不是当隋朝的闯将，也是为之后他大力反隋埋下了伏笔。这一切本是十分合理的，故而没有人怀疑他的这个所谓的身世。但是在1955年，工人们在济南修公路的时候，发现了一个石墓。这个石墓之中有一个石碑，上面满是文字。考古学家的分析和翻译的结果，发现这竟然是秦琼真正的生父--秦爱之墓。石碑上面记载，秦琼的出身不算很差，自秦爱往上三代都是做官的，曾在魏齐两朝为官。官职却不很大，在历史上都没有留下什么痕迹。他的父亲并非是南陈人，而是北齐人，也正是因为他的身世，才有了成为英雄的机会。
在碑中也记述了秦琼在玄武门之变中扮演的角色，当时他参与了这件事情，但并不是什么重要的角色，只负责清理余孽，这次政变中他的功绩不是很显著，所以对于他的记载很少。
