首先，朱棣为争取诸王拥戴，将朱元璋规定的皇室子嗣爵位品级均加升二级。虽然终永乐一朝朱棣不断强化了中央政权，也从根本上改变了朝廷和藩王之间的军事力量对比。但是此后宗师皇族大量增加的俸禄对中央财政的压力，至嘉靖三十一年（公元1552年），全国税粮总收入为2285万石，而皇族宗室的岁禄开支就达853万石，占全国税粮总收入的37%，成为国家经费中的最大开支。不断增长的皇室人口和俸禄负担，成为大明王朝晚期的重要问题。可惜，分封之制是太祖所定的万世不易的祖训，明朝始终没能很好解决这一问题。
第二，朱棣登基后为了提高处理政务的效率，首创内阁制度。在明代中晚期，阁臣不但各自培植自己的势力，也致使明中叶以后的政治日益腐败。内阁地位的特殊又使它成了矛盾辐辏之所，各种矛盾的发展，无一不是加剧了政治的腐败。而内阁与六部职权界限不清，工作上彼此失调，大大影响了中央政府的行政效率。
第三，由于朱棣是谋篡上位，对外臣多有猜忌故恢复了洪武年间的锦衣卫，重新开始实施明朝的特务统治。随后的永乐十八年（公元1420年），朱棣又设立了东厂，令亲信太监掌权，加强特务统治的同时提高了宦官的地位。在中枢系统中，内阁有票拟权，司礼监有批朱权，是内外相维的双轨制。但双方地位的特殊性使内阁难以与司礼监抗衡，双方权力的大小，又是以皇帝的向背为转移而互相成比。因此他们不可能有真正的相维相济，而只能形成对权力的激烈争夺。至明晚期内阁是越来越受制于司礼监，埋下了日后宦官祸国的种子，以致明朝成了宦官为祸最烈的朝代。。
第三，据《明史》记载："成祖从燕起靖难，患宁王蹑其后，自永平攻大宁，入之。谋胁宁王，因厚赂三卫说之来。成祖行，宁王饯诸郊，三卫从，一呼皆起，遂拥宁王西入关。成祖复选其三千人为奇兵，从战。天下既定，徙宁王南昌，徙行都司于保定，遂尽割大宁地畀三卫，以偿前劳。" 史料中的大宁（今内蒙古自治区宁城县西），位于辽蒙冀三省交界处，辽东-蓟州-宣府弓形的中心，军事地位相当重要。朱元璋曾分封宁王就藩大宁并建立卫所。大宁可以作为辽东、蓟州、宣府等地的防卫前哨，失去大宁后从关内到辽东就只能走山海关过锦州。可以说失去大宁卫使得明朝的防御战线直接收缩至长城一带，失去了对关外的有力震慑。此后蓟辽的战事不断，后金数次借道蒙古大肆侵掠京畿，更是直接威胁京城的安全。
