朱棣杀的第二类人是公然反抗他权威之人。这一类人对朱棣皇权的影响更大，因此下场也更凄惨。其中著名的有吏部侍郎练子宁、监察御史高翔、明朝大儒方孝孺等人。
练子宁在朝堂上对朱棣破口大骂，被割去舌头后依然不屈，朱棣大怒，将其凌迟处死，诛杀练氏族人百余位，流放亲属三百多人。高翔穿孝服上朝，朱棣命其脱去时宁死不从，先是被敲碎牙齿，又被缢死剥皮示众，亲戚朋友被流放戍边。朱棣还下令所有姓高的人赋税都增加，意图使世世代代的人都恨高翔。
方孝孺则是朱棣杀的所有建文帝旧臣中最轰动的一位。方孝孺是当时的文坛泰斗、明朝大儒，在读书人心中有着极高的地位。据《明史》记载，朱棣从北平出发之时，他的军师姚广孝曾说：杀孝孺，天下读书种子绝矣。朱棣答应了姚广孝不杀方孝孺的请求。
当朱棣攻破南京城、生擒方孝孺时，朱棣确实没有打算杀他，而是希望利用方孝孺在文人心中的影响力，为自己即位的合法性背书。可惜的是方孝孺坚决不从，在大殿上公然激怒了朱棣。朱棣怒道："难道你不怕我诛你九族吗？"结局出乎所有人意料，方孝孺竟当即回道："就是株连十族又何妨？"
天子之怒，伏尸百万，流血千里。朱棣果真株了方孝孺十族。在整个永乐元年，无数无辜人士惨死，朱棣用血雨腥风巩固了自己的权力，手段比其父亲朱元璋有过之而无不及！但历史是多忘的，最后人们只记得"永乐大帝"，却无人再想起那些无辜惨死的一条条生命！
