在马新贻遇刺后，曾国藩又以新任两江总督的身份奔赴南京。刑部尚书郑敦谨也以钦差大臣的身份同行，去督办"刺马案"。结果在郑敦谨等人对张文祥再度会审后，曾国藩与郑敦谨联名上奏，称"会同复审凶犯行刺缘由，请仍照原拟罪名及案内人犯按例分别定拟。"而原拟罪名，即先前由张之万和梅启照等人所上书的："凶犯张汶祥曾从发捻，复通海盗，因马新贻前在浙抚任内剿办南田海盗，戮伊伙党甚多。又因伊妻罗氏为吴炳燮诱逃，曾于马新贻阅边至宁波时拦舆呈控，未准审理，该犯心怀忿恨……无另有主使各情，尚属可信"。
张文祥背后没有主谋，"尚属可信"。一个"尚属"，再加上最初审理主审的张之万在审问期间拖拖拉拉，梅启照又是曾国藩的幕僚，这份上书怎么看都有些缺乏说服力。而后曾国藩又和郑敦谨来个联名上书，这说服力又打了一层折扣。
且在马新贻与张文祥有私人恩怨、曾国藩可能贪了太平天国国库的种种传闻之外，还有时任江苏巡抚的丁日昌买凶杀害有私仇的马新贻一说。
张文祥行刺表现地太过理直气壮，马新贻与多人有私仇，查办案件的官员又有种种异常举动，这场刺杀便终究没能尘埃落定。但也正是因为这场刺杀牵扯，至少可以牵扯到太多，它才被和当时摇摇欲坠的清廷联系起来。我们虽不能一叶知秋，但从马新贻的意外里，我们还是可以窥得不少故事。这大抵也是它能成为一桩奇案被人们在意的缘由吧。
