可是一年后，熊廷弼又被免职了，他遭到了御史言官们的猛烈攻击。虽然最后证明，"廷弼力保危城"，但他仍然离开了辽东。熊廷弼刚离开辽东不到一年的时间，努尔哈赤就发动了攻势，很快就打下了辽阳、沈阳。这时候，朝中大臣又想起了熊廷弼，御史再度任用他镇守辽东。可是，朝廷在此期间还任用王化贞为辽东巡抚。
熊廷弼抵达北京后，提出三方布置的策略，然而他到任后却发现，自己根本掌握不了全局。辽东巡抚王化贞驻守广宁，指挥着十几万军队，而熊廷弼名为经略，却只能驻守山海关，能指挥的军队只有五千人。熊廷弼主守，王化贞却主攻，甚至扬言，"愿以六万兵进战，一举荡平（后金）"，两人爆发了激烈的争执，而兵部尚书也站在王化贞的一边。
就在此时，努尔哈赤发起了广宁之战，王化贞指挥十几万大军，却不堪一击，很快就丢掉了大片领土，自己还差点被俘。在逃跑的路上，王化贞遇到了熊廷弼，当场落泪，熊廷弼却讥讽道："六万众一举荡平，竟何如？"按理说，广宁之战是由王化贞指挥的，熊廷弼虽然名为经略，但只有五千人，而且根本无法指挥王化贞，他的责任并不大。
可是由于熊廷弼非常自负，得罪了很多人，不论是东林党，还是阉党，都不喜欢他。最后，熊廷弼与王化贞都被判处死刑，不过没有立即执行。就在此时，明朝朝廷发动变故，魏忠贤与东林党的斗争非常激烈，他诬陷杨涟接受了熊廷弼的贿赂。再加上阉党分子冯铨的诬陷，熊廷弼最终死于非命。熊廷弼被杀后，"传首九边"，尸体不许安葬，另外他的妻子受辱，儿子被杀。直到崇祯二年，熊廷弼的首级才允许安葬，不过依然没有得到彻底平反。
参考资料：1.《明神宗实录》；2.《明熹宗实录》；3.《明史》
