关于同治皇帝的死因，在清宫档案讳莫如深，但这并不妨碍民众的想象力，在民间关于同治帝的死因，主要有死于梅毒和天花两种说法。
一、梅毒说中的存疑
因权力掌握在两宫太后的手中，同治皇帝哪怕在大婚后，仍无实权，权柄被慈安与慈禧牢牢掌握在手中，处处不如意，因此，同治帝开始变得自甘坠落起来，因权力的欲望无法得到满足，于是放纵自己流连烟花柳巷，沉迷于烟尘女子，最终自己也为此付出了代价，染上了梅毒，19岁便一命呜呼了。
当然了，关于同治皇帝得花柳病的说法，多见于野史，在正史中并未提及。如《清代野记》中便有关于同治帝得梅毒的记载：
久之毒发，始犹不觉，继而见于面盎于背，传太医院治之。太医院一见大惊，知为淫毒，而不敢言，反请命慈禧是何病症。慈禧传旨曰："恐天花耳。"遂以治痘药治之，不效。帝躁怒，骂曰："我非患天花，何得以天花治！"太医奏曰："太后命也。"帝乃不言，恨恨而已。将死之前数日，下部溃烂，臭不可闻，至洞见腰贤而死。
