明神宗说的宰相，就是大学士叶向高，字进卿，万历十一年进士，翰林编修。万历二十六年任左庶子，做了皇长子的侍班官。万历三十五年为礼部尚书兼东阁大学士。当时并列的几位大学士，死的死，病的病，或者闭门不出，只剩下叶向高一个人主持朝政。
其实，叶向高对王曰乾一案早有表态，太监马上跪地，送上叶向高的秘密奏言："王曰乾和孔学都是京城中的无赖，这件事与过去妖书一事非常相似，但比妖书一事更容易查问清楚，因为当事人都很明确，只要把他们找来查问，就能弄清楚真相。此事牵涉到郑贵妃和福王，尤其可恨。当前，陛下一定要冷静应对，如果张皇失措，容易引起朝野的混乱。在这件事上，我和朝中大臣们的看法都是一样。"
揣测叶向高的意思，倾向于维护郑贵妃和福王，不想扩大这件事的影响，而且这是大臣们一致的意见。明神宗长长出了一口气，说："我们父子得以保全了！"
明神宗的表现，耐人寻味。第二天，叶向高又向明神宗建议，不要让王曰乾的揭发材料散布开来，免得惊动皇太后和皇太子，让郑贵妃与福王感觉不安。叶向高趁机又提到福王的事，认为福王应该尽快前往藩国，以免天下议论。
明神宗完全同意他的看法，到此，明神宗和大学士叶向高之间达成一个默契：叶向高答应把此案冷处理，明神宗答应让福王尽快离开北京。
