吴三桂要起兵反清，必须要打着"兴明讨虏"的旗号，只有这样才有可能团结更多的力量，也使得自己师出有名。但是吴三桂前脚杀了永历帝，后脚就打着"兴明讨虏"的旗号，自然没有号召力，知识分子对之更是嗤之以鼻，耻与为伍。
这也导致吴三桂虽然兵强马壮，但在思想上不能统一，所以军队如同一盘散沙，尤其是到了战争的后半段，吴三桂部队的战斗力直线下降，最终败给了清军。1678年，吴三桂眼看战胜无望，于是在衡州称帝，过了一把皇帝瘾，之后不到五个月，就病死在了军中。
综上所述，吴三桂擒杀永历皇帝朱由榔，虽然为他暂时换来了荣华富贵，但一来他在清政府这边失去了存在的意义，二来在汉人眼里成了彻头彻尾的"国贼"，前者导致他不得不反，后者则导致了他必然失败的下场。
所以说，擒杀永历皇帝朱由榔是吴三桂最大的败笔，如果放任朱由榔在缅甸流亡，说不定他可以一直顺顺当当地在云南做他的"平西王"。
