可以说，如果不消灭准噶尔，进而收复西域，清朝的西部和北部边疆就永无宁日，甚至影响到国家安全。
所以，清朝不遗余力打击准噶尔，历经三代终灭其国。康熙年间，康熙帝三次亲征准噶尔，噶尔丹死去；后来策妄阿拉布坦统治准噶尔，并与青海的罗卜藏丹津相勾结，曾一度兵抵西藏，攻占拉萨；紧接着，噶尔丹策零继位，在雍正年间多次进犯。直到乾隆年间，准噶尔陷入内乱和疫病，清朝才获得机会，于1755年彻底灭掉了准噶尔汗国。最后于1759年统一天山南北，乾隆帝将其命名为新疆。
而明朝之所以放弃西域，主要还是国力和军力有限。有明一朝，除前期洪武、永乐年间外，明朝始终没有形成足以对抗蒙古诸部的军力，只能着眼于防御。而明朝对蒙古诸部的防御又主要集中在宣大一线，而非西北一线。这也导致明朝在西域地区并未形成有效的控制模式，一度设立的卫所也因国力不足而形同虚设。除此之外，东南的倭寇、辽东的女真也牵扯着明朝的国力和军力，明朝自始至终也无暇顾及西域，只能选择废弃。
