东南的倭寇问题，也与元朝有关。忽必烈两次攻打日本的行动失败后，许多日本浪人以复仇的名义，纷纷对朝鲜半岛和大陆沿海进行袭扰。
明朝时期，日本国内持续多年的混战，催生出一批失去领地无以为生的落败武士，这些人生计没有着落，转而漂洋过海当倭寇搞起了抢劫的行当。
倭寇的组成人员十分复杂，除了来自日本列岛的武士浪人，还有许多是明朝沿海的商人、渔民、海盗，甚至里头还掺杂着黄头发蓝眼睛的葡萄牙人。
对于这帮倭寇，朱元璋采取了跟对付蒙古人基本相同的办法，即通过严格的封锁将其阻隔在国门之外，同时还时不时动用一下贸易手段，比如关闭与蒙古人开展食盐、茶叶、生铁交易的边境榷场，逼迫他们遵从明朝的条件。
