可是，没过几天，左宗棠也上疏朝廷，说幼天王根本没死，而是跑到浙江去了。那么左宗棠作为曾国藩的战友，即便有矛盾，也不至于在朝廷面前拆曾国藩的台吧？原来，曾国藩在捷报中只字没提左宗棠早年转战江西、浙江的功绩，所以这才嫉恨，上了这道奏疏。
曾国藩得知是左宗棠在后面捅了他一刀，也不客气，他承认自己的失误的同时，也参劾左宗棠的部下攻下桐州后，也有大批太平军逃到江西，未追究立功诸将的事。至此，曾、左的矛盾开始激化，并迅速公开化，而且彼此扬言友谊断绝。左宗棠发誓，终生不与曾国藩通音讯。
其后，在办理洋务上，左宗棠又和曾国藩产生了不同的看法。曾国藩与李鸿章向来崇尚洋务，采取的是妥协的政策，而左宗棠认为洋务的关键在于"制夷"，他在西北问题上采取强硬态度，坚决抗敌。尤其是天津教案发生后，左宗棠认为曾国藩是媚外卖国，草菅人命。
