洪武二十一年（公元1388年），蓝玉官封大将军，率领王师15万征讨北元，驱逐北元于捕鱼儿海（今俄罗斯贝加尔湖），大胜还朝。此次捕鱼儿海战役中，蓝玉不仅杀敌无数，还俘虏了北元皇帝脱古思帖木儿的次子地保奴、嫔妃和公主一百二十三人、文武官员三千余人、外加其他人口七万七千多人，侥幸逃脱的仅有北元皇帝脱古思帖木儿和太子天保奴等数十人。北元此次受到重创，几乎是全军覆灭，片甲不留。除了俘虏，蓝玉此次征战还获得了丰厚的战利品，其中包括马驼牛羊十五万多头，车马兵器若干，以及金银财宝无数。
捕鱼儿海一战，蓝玉的地位和声望达到了顶峰，但同时，他的人性弱点也在此战中暴露得淋漓尽致。
蓝玉不仅私吞了大量战利品，更恶劣的是，他竟然还觊觎元帝脱古思帖木儿嫔妃的美色，将一位有"草原之花"美誉的元妃占为己有。这位妃子性情刚烈，在受辱后上吊自杀，此事轰动一时，一直传到了朱元璋的耳朵里，朱元璋得到消息后气愤地大骂道："蓝玉小儿如此无礼，岂大将军所为哉！"
另外，蓝玉还是常遇春的妻弟，常遇春的女儿常氏又是朱标的太子妃，所以，蓝玉也是朱标的亲妻舅，二人关系密切，感情深厚，蓝玉是太子朱标的忠实拥护者。蓝玉北征还朝途径燕京（北京），与朱棣有过交集，他回到京城后特地对太子朱标说："我观察燕王朱棣的举动神似帝王，我找人望过他的气，有天子气象，你一定要小心！"可朱标不仅对蓝玉的话不以为然，本性仁厚的他还无意间把这话告诉了朱棣，让朱棣对蓝玉怀恨在心。
