但慈禧对此却表示非常不满意，甚至还颇为生气，直接质问大臣为何不能一人建一陵墓。于是，清朝的规矩就被慈禧打破了，双皇后陵墓自此诞生。同治帝在其成年以后前往定陵拜祭，随后将定陵附近的平顶山改名为"普祥峪"，为慈安的陵墓，将普陀山更名为"普陀峪"，此慈禧的陵墓之所。两座陵墓的修建共耗时6年，花费近500万两白银。1908年10月23日，慈禧的遗体装殓入棺。
众所周知，慈禧的陪葬品繁多，号称世界之最。但装满棺椁的奇珍异宝给慈禧带来的并不是福气，反而是灾祸。在其闭眼后的20年，东陵大盗孙殿英将盗墓之手伸向慈禧的棺椁，甚至将慈禧毁棺抛尸。那是在1928年，大军阀孙殿英对慈禧墓葬中奇珍异宝觊觎已久，随即在7月4日正式对慈禧陵墓进行盗掘。孙殿英将整个墓葬的财物洗劫一空以后，把慈禧的遗体抛在棺外，只给慈禧留下一条内裤。孙殿英盗墓之事被揭发以后，溥仪曾派人前往东陵对慈禧的遗体进行二次安葬。
第三次入殓是在1984年，文物局决定对慈禧的内棺进行一定地修缮。随后在1月4日，修缮小组到位，对慈禧的遗体进行了清理，并在棺椁当中喷洒大量的防腐防毒的药液，随后再次将慈禧的遗体放入棺椁当中，再次进行封棺。在这一切都弄完以后，相关人员再次在慈禧的尸体上方喷洒些许药液。至今，慈禧的遗体依旧被安放在棺椁当中，保持着第二次入殓时的模样。
