光宗在位仅一月，一批东林士人在此期间复职，此间君臣冲突迹象不显。天启初年，宦官魏忠贤与熹宗乳母客氏交好，熹宗纵容魏忠贤介入朝政，"御史周宗建请出客氏于外，不听。给事中倪思辉、朱钦相等相继言，皆谪外任"。
天启四年六月，左副都御史杨涟弹劾魏忠贤二十四大罪，随后南北诸臣纷纷上疏要求惩处魏忠贤，国子监祭酒蔡毅中率其属抗疏言："学校者，天下公议所从出也。天启五年八月，熹宗谕令："东林、关中、江右、徽州一切书院，俱着折毁，暨田土、房屋估价变卖，催解助工"。天启五年十二月，熹宗谕："一切党人，不拘曾否处分，俱著该部院会同九卿、科道从公查确，集议奏请，将姓名、罪状并节次明旨，刊刻成书，榜示海内"。
崇祯帝继位数月间，诛杀魏忠贤，恤录东林士人。崇祯元年五月，在别如纶、倪元璐、吴焕等人的一再要求下，崇祯帝诏毁《三朝要典》。崇祯帝在位期间，沉积独断，然好猜疑，在位期间仅阁臣就换了 50 余人，阁臣周延儒、温体仁在阁时间稍长，二人为固君宠，一味迎合崇祯帝，温体仁为首辅，崇祯帝曾经向他咨询时政。顾臣愚无知，但票拟勿欺耳。兵食之事，惟圣明裁决"。
在当时，官员结党营私现象较为严重，士大夫群体内部纷争不断，这导致一些君臣冲突浮于人事，相对于前朝来说，这一时期臣对君的抗争气势呈现出大为弱化的态势。
