孝宗在位初年，对成化一朝积累的弊政有所厘清，此后虽亦渐趋怠于政事，出入佛老，然总体来看，孝宗与官员群体的关系较为和睦，该时期不见大规模的君臣冲突。在正德年间，君臣围绕武宗宠信内侍、边将，以至于居无节制、巡游无度等问题发生了激烈的冲突。
穆宗在位六年，君臣冲突的事由涉及群臣谏阻穆宗加派宫内财用之物等，然未见剧烈的大规模冲突情状。神宗在位凡四十八年，前十年内有慈圣太后经管起居，外有张居正主持政局，君臣矛盾隐而不显。张居正去世后，政局为之大变，万历朝为明代君臣冲突凸显的一个时段，君臣间激烈冲突，计有买办银、矿税、织造、国本、朝讲（郊庙）之争。
（三）泰昌、天启、崇祯时期的君臣冲突
