卧榻之下，有如此恶贼，唐昭宗岂能安心酣睡？于是唐昭宗任命宰相杜让能调集军队，讨伐李茂贞。
当时朝廷积弱已久，各节度使早已经不听天子号令，朝廷能调集的军队只有禁军而已，实力很弱。结果禁军还没来到凤翔，就被李茂贞击败。李茂贞乘胜进击长安，京师大恐，唐昭宗于是诛杀两三名将领向李茂贞谢罪。
李茂贞并不退兵，作势攻打皇宫，控诉杜让能之罪。杜让能是唐初贤相杜如晦的后代，自知必死，请求以身殉国。唐昭宗迫不得已，只好诛杀杜让能，再次向李茂贞谢罪，李茂贞于是退兵了。
其后，唐昭宗任命韦昭度、李谿为宰相，李茂贞不同意，并加以阻止。唐昭宗下诏回复说："军队之事，我可以和诸节度使商议，朝廷任命宰相，由朕做主。"
河中节度使王重盈死后，其子王珂和王珙争位。李克用支持王珂，而李茂贞、王行瑜、韩建和朱温等人支持王珙。唐昭宗回复李茂贞说："李克用的奏章先到，朕已经答应立王珂为节度使，不可更改。"
