建文四年，朱棣攻入南京，建文帝焚宫失踪，历时四年的靖难之役以朱棣的胜利告终，但朱济熺并不高兴，他不喜欢建文帝削藩，但也不喜欢与父亲不合的燕王上位。这也造成了他日后的悲剧。
朱棣登基后晋王朱济熺来朝，朱棣在给这个大侄子的诏谕里不无敲打之意：
"尔为皇考妣长孙，钟爱尤笃。今尔父虽逝，吾岂不知体皇考妣之心为心乎？正图与尔共享富贵。且西北重镇，资尔控驭，尔居国年久，令誉已著，抚安藩屏，方有望焉。"
朱棣为何会特别关照朱济熺？除了晋府手握重兵以外，朱济熺之弟朱济熿的岳父正是曹国公李景隆，而李景隆为了女婿能够上位，在朱棣面前数言其过，让朱棣对朱济熺起了猜忌之心。
永乐二年，朱棣将晋府长史废黜，重新给晋府安排了长史，朱济熺为求自保而选择将晋府护卫上交，但朱棣却拒绝了朱济熺并且致信宽慰。永乐三年又将朱济熺的弟弟朱济炫安置潞州，并责令朱济熺管教训诫。
