二是左宗棠没有做京官的经历。军机处的工作节奏很快，当天的奏折必须当天处理好，这与封疆大吏较为从容的工作节奏形成了鲜明的对比。左宗棠哪怕想有所作为，也难以适应这种工作节奏，以至于有力不从心之感。
三是左宗棠干事不能称心如意。左宗棠的特长是带兵作战，因此朝廷让他以军机大臣的身份管理兵部事务，训练5000八旗军队。训练军队，是需要费用的。左宗棠经过测算，训练八旗军队每年要20万两银子，这笔钱根本就筹办不起来，只好请求暂缓练兵，让它不了了之。此外，左宗棠在借贷洋债、兴办水利、加鸦片税等方面的意见与恭亲王等人不合，郁郁不得志。
四是左宗棠受到同僚的排挤。左宗棠性格耿直，素以清流自居，一心只想干点实事，那么必然成为同僚们的排挤和嘲笑对象。根据翁同龢记载，当初给左宗棠写诗的宝鋆，就以左宗棠"非翰林出身故轻视之"，"有一团茅草之喻"，对他竭力排挤。
因此，左宗棠因"与诸公议事不合"，请求开缺。慈禧太后当然不会将左宗棠放回家养老，对他好言宽慰一番后，让他转任两江总督兼南洋通商大臣。
