不过东三省主权虽然归还了，但满人在东北的基业并没有恢复。此时的东北，已经是汉人的天下了，满人在东北，无一兵一卒。
1906年，为了尽快恢复东北秩序，慈禧委任贝子载振、尚书徐世昌前往东北视察。第二年，慈禧在看完报告徐世昌的报告后，下旨将东三省改制。之前三省是将军辖地，现在改成行省，设总督和巡抚。
前面说了，八旗子弟都是废柴，满洲八旗在东北也已经没有武装力量了。因而改制后的东三省督抚，就都交给了袁世凯的北洋系的人来充任。其中袁世凯的大军师徐世昌出任东三省总督，袁世凯的一手提拔的三个小弟唐绍仪、朱家宝、段芝贵分别担任奉天、吉林和黑龙江巡抚。
于是就这样，东三省也姓了袁。
这里顺带一说，徐世昌在东北当总督时，带去了三个协（相当于旅），并以这三个协为扩军基础，组建了东北新军。并且徐世昌还重用了很多土匪，在这些土匪中，就有张作霖、冯德麟等日后叱咤风云的军阀。这些人对清政府谈不上忠诚，但对袁世凯，那是非常敬仰。袁大总统吼一嗓子，这些人都会吓得汗流浃背。
