此后，清军与孙可望多次交战，但都大败而归，但孙可望与大西军余部领导人李定国等人在联明抗清的问题产生了分歧，孙可望主张与南明军周旋，失利后转入南海，而李定国则主张西进云南，建立根据地，联名抗清。
虽然大西军原本是反抗明朝的农民起义军，但他们也看不得清军入驻中原，内部人心是归向李定国的主张，孙可望也只好同意，但对李定国心怀不快，并且之后李定国立下赫赫战功，威望在于孙可望之上，孙可望就想除掉李定国。
1657年，孙可望与李定国大战后兵败降清，孙可望降清于清非常有利，次年孙可望抵达北京之时，清廷命和硕简亲王济度、和硕安亲王岳乐带领大批高官显爵出城迎接，场面十分隆重。
由于孙可望出卖军情虚实，李定国和西南抗清武装最终以失败告终。不过清朝在中原稳定后，孙可望、吴三桂两人已经没有利用价值，最终被清朝廷收拾了。
