五月初二，多尔衮带着清兵由朝阳门进入了北京，当时北京城里的官绅士民还不清楚吴三桂已经投清，误以为吴军打败了大顺军，夺回明太子朱慈烺，即将送回北京即位，并且准备了皇帝的卤簿法驾出城迎接。
但来的却是多尔衮，一时间北京城内陷入了混乱。但由于清军入关之时，洪承畴早已进言，不抢掠不剃发，为崇祯帝发丧，方可博得汉族士绅的好感，便能够快速稳定形势，多尔衮采取了此建议，收效不错。
之后洪承畴又受命招抚江南，镇压江南抗清义军，斩杀拥护明王室内的义士，在劝降郑芝龙、得以顺利进军福建时，还被誉为"开清第一功"，洪承畴的母亲和亲弟弟洪承畯见此，也都忍不住面责其不忠。
