但姚广孝却一直没有机会发挥才学，1375年（洪武八年）朱元璋招聘精通儒书的僧人，却没有注意到姚广孝，所以姚广孝只能继续蛰伏，7年之后机会终于来了。
1382年，朱元璋爱妻马皇后去世，于是挑选一批高僧，让他们到各个藩王身边，为马皇后诵经祈福，姚广孝就被分配到了朱棣那边，成为庆寿寺住持。所谓干柴碰烈火，朱棣与姚广孝两人一见钟情，《明史》记载是相谈甚欢，且到了神秘的程度，"出入府中，迹甚密，时时屏人语"，成为最被朱棣重视的下属。
1392年，太子朱标去世，1398年朱元璋去世，朱允炆继位，并用黄子澄、齐泰之计削藩。不到一年时间，周王朱橚、湘王朱柏、代王朱桂、齐王朱榑、岷王朱楩相继获罪，被废除藩国。其中，燕王朱棣最雄杰、兵最强，尤为朱允炆忌惮，是必须要被削藩的对象，如果不反抗，最好的下场是被圈禁。
在这一背景之下，姚广孝密劝朱棣起兵，朱棣道："百姓都支持朝廷，怎么办？"姚广孝答道："臣只知道天道，不管民心。"最终，在姚广孝的劝说下，朱棣以尊祖训、诛奸臣、靖难为名出征，经过三年多苦战，成功夺取皇位。
