到了后来魏忠贤权倾朝野，为了巴结魏忠贤，朝臣先是上奏封魏忠贤为"九千岁"。有一次，一位浙江巡抚向皇帝提议要为魏忠贤建生祠。朱由校不但没有愤怒降罪，还为这个生祠赏赐匾额 "普德"，表明自己的支持。那些官僚们立即积极响应，唯恐落后，纷纷在各地为魏忠贤建立生祠。魏忠贤的生祠不但遍布全国各地，而且建到了京城。
魏忠贤马车所过之处，百姓欢呼九千岁，有些人干脆叫他"九千九百岁"，甚至到了民间很多百姓只知朝廷有魏忠贤而不知有熹宗的地步。
朱由校治下的大明王朝，本已风雨飘摇。以魏忠贤为代表的阉党和东林党之争，更是加快了明朝的灭亡。
当时正值明末社会矛盾日趋激化的时候，东林党人虽然提出了廉正奉公，振兴吏治，开放言路，革除朝野积弊等进步口号，然而实质上却沦为了大地主、大商人利益集团的代言人，对明末饥荒灾民的悲惨现实忽视不见。东林党在当时遭到阉党的激烈反对，双方演变形成明末激烈的党争局面。后世评论"明亡与党争"。
