朱由校避住在慈庆宫，西李却始终住在乾清宫不肯走。眼看朱由校要登临大位，就必须回到乾清宫。为了让西李尽快"移宫"，一众大臣多次上奏，朱由校犹犹豫豫，反复无常，最后才下令西李选侍搬走，朱由校也从慈庆宫回到乾清宫，正式即位。这边是明末三大案之一的移宫案。
"移宫案"后，魏忠贤倚靠的西李遭受打击，魏忠贤本应难辞其咎，可是在王安等人的庇护下，魏忠贤就这么蒙混了过去。这之后，魏忠贤和客氏相互勾结。客氏是朱由校的乳母，朱由校自小缺少母爱，对于客氏很是信任。皇帝长大后，按说乳母应该放出宫，但是客氏依仗朱由校的喜爱，仍然住在宫中，并被封为奉圣夫人。魏忠贤依靠客氏平步青云扶摇直上，打败了王安和魏朝，提督东厂，最终成为司礼监掌印，并进一步通过皇帝控制了朝政。
小皇帝朱由校不爱管理朝政，反而热衷于木匠活。每当朱由校锯木头、刨木头或者漆木头的时候，魏忠贤等人就会故意拿上许多公文奏疏请皇帝审批，故意扫了朱由校的兴，让他嫌烦。通常朱由校会说道："我知道了，你们拿下去，好好处理吧。"此时朝廷中的一切实权，已经是操控在魏忠贤的手中。
魏忠贤与客氏勾结在一起，控制了朱由校，控制了内廷，施展手段在外朝也逐步占据了优势。
