不过，到了后来情形为之一变，绿营军官们联手造假成了常态，并且与户部官员沆瀣一气，在审核时蒙混过关。值得说明的是，户部尚书及各部主事并不亲自负责这些细碎的账目，经手的都是户部的书办。书办其实就是一些小吏，只要搞定了他们就能顺利报销军费。
乾隆时就有个例子很能说明这个问题，乾隆朝红人福康安凯旋回京时到户部报销军费，其数量有一千八百多万两之巨，因为他是孝贤皇后的侄子，又身居高位就没打点户部书办，结果军费迟迟不能报销。后来经高人指点，才放低身段送给书办二百万两银子，因此才顺利得以报销。从这个例子中可以看出，清代的军费奏销就是笔烂账，统兵的将军和户部书办暗箱操作大捞国库的银子。
不过话又说回来，战争并不是每年都有，平时这些军官们就只能克扣士兵的军饷。绿营兵本来饷银就不多，经过层层克扣，到手的只有6成不到，以至于绿营士兵不能维持全家生活，因此也就出现了装备差、战斗力低，而官兵作战不力的情况。
太平天国初年，对抗太平军的主力就是绿营，两年多时间内朝廷调用各省绿营十万余人，所用军费竟高达二千五百余万两。而曾国藩的湘军从开始的一万七千余人发展到十二万人，前后用兵十二年，所用军费不过三千万两而已。
之所以出现这样的问题，归根结底还是体制的不完善。在朝廷重文轻武的宗旨下，武官该有的政治地位被大大削弱，经济收入也不如文官，因此捞钱成了他们唯一的出路。太平天国以后，地方封疆大吏崛起，中央财权也逐渐下放给各省督抚，军队实际掌控在他们手中，因此地方的财源也逐渐被他们控制，这时期反而很少出现克扣军饷和滥报军费的情况了。
