谭继洵不仅对儿子等人的维新变法尚且不赞同，甚至对当时上司湖广总督张之洞的中学为体，西学为用，也是不能理解和支持。在"百日维新"期间，就有一位监察御史参劾谭继洵，在所奏不称职官僚折中，指出："即湖北巡抚谭继洵守旧迂拘，虽人尚无他，要非能奉行新政者。此等即不逢裁缺，亦当分别罢斥，或优之听其告休。"
而湖广总督张之洞每约谭继洵联衔陈奏新政，他皆谢不敏，与张之洞论事每多相左。当然作为下属，谭继洵也不方便反对，只能对张之洞的新政听之任之。这也导致谭继洵与张之洞的关系很僵，甚至有相当深的矛盾。一个督一个抚，两人可以说因思想的不同，意见也是不合。谭继洵遵循的是在官场上谨小慎微，对于强势的上司张之洞，事多专决，谭继洵力求自保，不敢与之抗衡。
谭继洵的保守思想并没有影响其子谭嗣同的想法，甚至其越加阻止，谭嗣同的维新思想越强烈。最终，维新变法威胁到了当权者慈禧太后，谭嗣同也被慈禧太后残酷杀害，年仅33岁。当时戊戌变法失败后就有人劝谭嗣同逃走，他却对劝他离开的人说："各国变法无不从流血而成，今日中国未闻有因变法而流血者，此国之所以不昌也。有之，请自嗣同始。''
