由于朝廷削藩激化矛盾，导致各地的藩王与朝廷开始决裂，而这群"叛贼"的头目便是当时实力最为强盛的朱棣。1399年7月，朱棣以尊祖训、诛"奸臣"齐泰、黄子澄，为国"靖难"为名，誓师出征，从此便开始了一场历时四年之久的战争，史称"靖难之役"。由于经历过朱元璋大肆杀戮功臣宿将之后，此时的朝廷也是无将可用，建文帝只好再次起用已年近古稀的幸存老将长兴侯耿炳文为大将军，驸马都尉李坚为左副将军，都督宁忠为右副将军，率军13万伐燕，数路并进，号称有百万大军。
战争初期，燕王朱棣在兵力上根本占不到一丁点优势，他的军队只有十万人，而且除了他的封地北京之外，他也没有其他能够控制的任何领土，反观南军，不仅军队数量是他的数倍，而且还掌握着全国的经济，按理来说，朱棣在此时起兵造反，完全就是自寻死路。然而，建文帝却在此时突然下达了一道圣旨，要求前线将士不准伤害朱棣的性命，因为他不想在百年之后背着杀害叔父的罪名去见列祖列宗。
