结果，他的这道圣旨非但没有提升自己部队的士气，反而还让朱棣有了"护身符"，有几次，朱棣的部队被南军击败，在溃退的时候，朱棣亲自率部断后，而南军将士们因为有"压力"，不得不放弃追击，眼睁睁地看着朱棣的大军从容撤退。时间一长，双方的攻守形势开始发生逆转，许多将领也纷纷选择投降燕王，致使朱棣实力大增，一路攻城拔寨，直驱京师。
建文四年，燕军渡江攻陷南京城，建文帝不知所踪，而朱棣也在进入南京后，大肆杀戮曾为建文帝出谋划策及不肯降附的文臣武将，造成空前的惨案。1403年，朱棣改年号为"永乐"，从此开始了他长达二十二年的统治。
