曹变蛟年轻时跟随叔叔一路南征北战，学到了领军打仗的能力，也立下不少战功，像曹文昭这样的名将，崇祯皇帝只想着利用，轻赏重罚，曹文昭后来因犯了错被发配充军，曹变蛟也受到影响，只能赋闲在家。
山西起兵事，崇祯皇帝又想起曹文昭，命他们叔侄二人前去征讨，取得大捷，崇祯八年，曹文昭在湫头镇之战中因寡不敌众兵败自尽，曹变蛟并没有得到重用，于是他自己组织起以前失散的士兵，投到了洪承畴麾下。
在洪承畴手下，曹变蛟得以施展抱负，但凡重要的战役，他都有参加，而且屡战屡捷，崇祯皇帝最终提拔他为都督佥事、左都督，不过朱由检这个人疑心重，不允许别人犯错，曹变蛟就曾多次被他罚俸禄、贬官级。
