彼时清朝已平定三藩之乱，收复台湾，实力渐强。康熙决定与沙俄开战，他对大臣说，罗刹占我龙祥之地，如果不灭，可能永无宁息。
康熙命人侦察敌情、建瑷珲城、设置驿站、加紧造船、储备军需、调兵遣将。从1685年6月25日至1686年7月18日，都统彭春率领清军二次大败俄军。
当时沙俄卷入了波兰战争，同时与瑞典的战争也近在眼前，清朝本应挟雅克萨胜利之威乘胜追击。但当时清朝也是内忧外患，三藩之乱刚刚平定，台湾郑氏时时骚扰，准噶尔汗国不断东侵，欲一统蒙古称霸草原，而蒙古地区相比西伯利亚，孰轻孰重，康熙心里自然有本账。康熙的目标，是将沙俄的势力逐出黑龙江流域，将清朝的边境推进到北纬58度线附近，越往北气候越冷，开拓的难度越大！。当时眼界所限，他认为再往北对于中原王朝已经没有了意义。
1689年9月7日，索额图代表大清签订了《尼布楚议界条约》，规定外兴安岭以及额尔古纳河作为共同承认的边界，黑龙江、乌苏里江流域是中国的领土，沙俄从黑龙江撤军，沙俄不参与准格尔与清王朝的战争。贝加尔湖以东尼布楚一带属于沙俄，将北诺斯山与南支之间北到北冰洋、东到白令海峡，包括勘察加半岛和整个乌第河流域在内的广袤疆域，定为待议地区，其面积不小于300万平方公里，甚至更大。但现在这片土地已不再是待议地区了，至于将来如何，只有我们的后人能回答了。
