但是当时清廷内部不稳，既有三藩叛乱，又要收复台湾，还要抗击沙俄，事情太多，再准噶尔的再三挑衅下，康熙也未敢轻易开战，直到内部问题都解决之后，并且与沙俄签订了条约后，才腾出手来对抗准噶尔。
康熙一度亲征，在强力的武装打击之下，清军击败准噶尔汗国，葛尔丹兵败身亡，但是这并未代表准噶尔汗国就此覆灭，在雍正时期，一度成为清廷西北战事的重中之重，一直到乾隆时期，在准噶尔内部矛盾的情况下，清军才彻底击败准噶尔汗国。
在康熙、雍正、乾隆前后七十年的准噶尔之战中，花费军饷一共多达3000多万两白银。
对比平定准噶尔与左宗棠收复西北来说，平定强大的准噶尔过程中是一场消耗战，花费更多的是时间，而左宗棠收复西北过程虽然很快，但是面对的敌人实力很弱，而且花费的钱也是到位了，假如阿古柏实力和葛尔丹一样，估计左宗棠就是把清朝家底打光也未必能收复回来了。
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