这个时候在英国人的支持下，1865年阿古柏率兵占领西北地区，可以说是趁你乱，赶紧占，当时朝廷就有人认为应该放弃西北，比如李鸿章就认为，西北荒凉之地，不值当去用兵，但是受林则徐塞防"真传"的左宗棠则坚持收复西北，认为"重疆者，所以保蒙古，保蒙古者，所以卫京师。"
在平定陕甘之乱后，1875年清政府任命左宗棠为钦差大臣，主要负责收复西北。
相对于1865年来说，经过十年洋务运动，清政府已经有了一定的实力，尤其是在军工上的发展更是取得了长足的发展。
左宗棠的西征大军主要由六七万兵力组成，打击的是主力只有三万左右的阿古柏叛军，西征军在各方面都强于阿古柏叛军的情况下，历经一年半，一战剿灭阿古柏五千多人，取得了关键性的胜利。
